Asrama Saint Joseph dikelola dengan sistem melibatkan bruder dan beberapa guru serta karyawan SMA Pangudi Luhur Santo Yosef Surakarta. Guru atau seorang bruder yang diberi tugas menjadi kepala asrama ex officio wakil kepala sekolah bidang asrama. Dalam pendampingan sehari-hari antara bruder, guru dan karyawan yang diberitugas tambahan sebagai pendamping asrama diatur sedemikian rupa sehingga pendampingan terus berlangsung secara berkelanjutan.